残業代の請求をする場合、あわせて労働基準監督書に申告する場合があります。

効果については、在職していればかなりある可能性があります。

というのが、当たり前ですが労基署は公務員で、「法違反」に関して取り締まる形になります。

既に退職していて、残業代の支払いに争いがある場合（例えば基本給に込みだった。残業をしていなかったなど）、それを決めるのは裁判所になります。つまり、争いになっている場合法違反かどうかを判断することはできません。

また、当然申告をしても、労基署は動いてくれるかどうかはわかりません。

結論としては以下の２つの効果があります。

1. 他の従業員に対しても残業代支払いが及ぶ可能性が高く、プレッシャーを与えやすい
2. 明確な証拠がある場合、支払いとなる可能性が高い（証拠がない又は少ない場合等で争いとなる場合、労基署も判断できないため上記裁判等になります）